PicoPLEX™DNA-seq試劑盒使用技術(shù)，單管三步法3小時內(nèi)完成單細胞擴增。

PicoPLEX™DNA-seq試劑盒旨在擴增單細胞基因組DNA，以便在Illumina®新一代測序（NGS）平臺上可靠檢測染色體非整倍體和拷貝數(shù)變異（CNV）?？蓱?yīng)用于包括使用卵裂球和滋養(yǎng)外胚層細胞的植入前基因篩查（PGS）和需要單細胞擴增的循環(huán)腫瘤細胞（CTC）中的CNV檢測。

PicoPLEX DNA-seq Kit

適用Illumina®NGS平臺的單細胞文庫制備

Single Cell Library Preparation for Illumina® NGS Platforms

英文名稱：PicoPLEX DNA-seq Kit

中文名稱：PicoPLEX DNA-seq單細胞文庫制備試劑盒

用途：單細胞DNA擴增制備illumina文庫，用于植入前遺傳診斷和循環(huán)腫瘤細胞檢測。

成功實例：PicoPLEX DNA-seq試劑盒已成功處理單卵裂球，滋養(yǎng)外胚層細胞和培養(yǎng)細胞。

 PicoPLEX DNA-seq試劑盒可為單一細胞提供穩(wěn)定且可重現(xiàn)的DNA擴增，用于有限的測序覆蓋度分析，不適用于高覆蓋率的深度測序，如從頭測序和/或全基因組測序。

測序平臺：PicoPLEX庫推薦的測序平臺是Illumina MiSeq系統(tǒng)和HiSeq 2000/2500。要在Illumina NextSeq測序儀上使用，請在庫準(zhǔn)備之前技術(shù)咨詢。

 PicoPLEX®技術(shù) - 曾用于微陣列（arrays）法的單細胞拷貝數(shù)變異檢測，現(xiàn)在有單管形式可在Illumina NGS平臺上使用。 PicoPLEX WGA（單細胞全基因組擴增）長期以來一直被*的IVF診所用于植入前基因篩查和診斷，以檢測染色體非整倍體和拷貝數(shù)變異。

PicoPLEX DNA-seq試劑盒簡化了文庫制備，整個過程在單個試管或單孔內(nèi)進行，減少了錯誤和污染，加快了時間，并降低了成本。PicoPLEX DNA-seq試劑盒包含48份反應(yīng)，包含將48份單細胞或DNA（6 pg至60 pg）轉(zhuǎn)換為illumina NGS文庫所需的一切，包括雙端索引（illumina indexes，放在一次性使用的微孔板中）。

Rubicon Picoplex試劑訂購信息

48次反應(yīng)，包含一次性使用96孔板的48個雙端illumina indexes。

PicoPLEX DNA-seq試劑盒受美國8,206,913和歐盟待決申請的保護，僅供研究使用。

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Rubicon公司成立于2000年，總部位于美國密歇根州。產(chǎn)品都擁有技術(shù)，檢控嚴(yán)格，擁有cGMP級生產(chǎn)能力，有多個OEM合作伙伴，是單細胞測序文庫構(gòu)建的。2017年1月，Rubicon 成為Takara的一員，并且發(fā)展良好。

單細胞新一代測序簡介

新一代測序（NGS）能夠?qū)υS多應(yīng)用進行精確和無偏差的基因組分析，包括檢測染色體非整倍性，拷貝數(shù)變異（CNV）、插入和缺失。這些檢測尤其適用IVF診所的胚胎植入前基因篩查（PGS）和癌癥遺傳學(xué)。

所有這些應(yīng)用的起始材料由于使用單細胞而受到限制，并且需要基因組的可重復(fù)性擴增作為NGS下游分析的先決條件。 PicoPLEX DNA-seq試劑盒專為滿足這種不斷增長的需求而開發(fā)，可幫助從單個細胞制備Illumina兼容NGS文庫。

PicoPLEX DNA-seq文庫用于表征*的基因組特征，包括體外受精（IVF）診所PGS診斷所需染色體非整倍體異常和拷貝數(shù)變異檢測，以及癌癥研究的單腫瘤細胞（如CTC）。

PicoPLEX DNA-seq 優(yōu)點

減少ambiguity：高度可重復(fù)的CNV和非整倍體檢測

減少工作流程：三步完成從單細胞到測序即用文庫的制備

降低成本：單個試劑盒包含測序文庫制備所需一切

減少污染和錯誤：文庫制備在單管或單孔中完成，不需要轉(zhuǎn)移

縮短結(jié)果時間：Illumina NGS文庫在不到3個小時內(nèi)制備好

循環(huán)腫瘤細胞CNV文庫構(gòu)建試劑盒,Rubicon

Highly Reproducible CNV Detection Over the Entire Genome：Amplified libraries from 11 individual flow-sorted H929 cells were sequenced on an Illumina MiSeq® and downsampled to 250,000 total reads. Thirty-five base single-end reads were mapped to human over the entire genome.

染色體1中高度可重復(fù)的CNV檢測：每個單獨的H929細胞中（參見上圖），如粉紅色或藍色條所示，在染色體1中*檢測到22Mb丟失和30Mb增加。

PicoPLEX DNA-seq Kit試劑盒參數(shù)

 樣本

上樣量：該試劑盒每次反應(yīng)可容納5μL加樣量（細胞和緩沖液zui高2.5μL）。如果細胞在1x PBS中，則不要超過2.5μL的PBS。

適用樣本：1-10個哺乳動物細胞（例如卵裂球，極體，滋養(yǎng)層細胞，羊膜細胞，CTC，培養(yǎng)細胞）；分離的DNA（6 pg - 60 pg人類DNA）；超過50 pg加樣量是可能的，但需要在步驟6和10處優(yōu)化；分選的染色體。

樣本采集兼容方法：流式分選（不要固定），稀釋和顯微操作與PicoPLEX DNA-seq兼容。

細胞洗滌：建議在PBS（不含鈣，鎂和BSA）中洗滌并限制洗滌緩沖液低于2.5μL。

反應(yīng)時間

PicoPLEX DNA-seq試劑盒可在<3小時內(nèi)裂解細胞并準(zhǔn)備好含indexes的NGS適用文庫。

運輸和存儲：PicoPLEX DNA-seq試劑盒（目錄號R300381）在干冰上運輸。試劑盒應(yīng)在抵達后保存在-20°C。

 質(zhì)量控制：PicoPLEX DNA-seq Kit使用新一代測序（NGS）對應(yīng)規(guī)格進行測試，以確保產(chǎn)品質(zhì)量和*性。

 安全信息：遵循標(biāo)準(zhǔn)的實驗室安全程序并穿戴合適的實驗服，防護眼鏡和一次性手套，以確保人身安全并減少樣品制備和后續(xù)擴增反應(yīng)過程中潛在的交叉污染。更多信息請參閱相應(yīng)MSDS。

原理和工作流程

PicoPLEX DNA-seq原理圖

PicoPLEX DNA-seq基于Rubicon Genomics的PicoPLEX技術(shù)，用于單細胞基因組DNA（gDNA）擴增，該技術(shù)使用多重循環(huán)的隨機引物進行可重復(fù)文庫構(gòu)建。 PicoPLEX DNA-seq Kit遵循PicoPLEX WGA Kit的相同三步工作流程，包括細胞裂解，預(yù)擴增和zui終擴增。首先，特制配方裂解細胞并打斷DNA。接著，專門設(shè)計的隨機引物通過對產(chǎn)物進行zui小限度的擴增來選擇性地預(yù)擴增DNA，以產(chǎn)生高度可重現(xiàn)的文庫。zui后，用包含Illumina雙重條形碼的引物進行PCR擴增得到測序就緒文庫。

組份

循環(huán)腫瘤細胞CNV文庫構(gòu)建試劑盒,Rubicon

性能

免除文庫定量：

流式分選所得unsynchronized H929細胞擴增后，以恒定體積pooling，并且加載到MiSeq v3流通池上。由于PicoPLEX DNA-seq反應(yīng)產(chǎn)生高度可重復(fù)的產(chǎn)物，所以pooling之前無需對文庫進行定量。圖中空白柱子部位表示該孔不含細胞。

PicoPLEX DNA-seq試劑盒提供的染色體非整倍體檢測與arrays（陣列）分析*：通過使用相同的單胚胎細胞文庫進行陣列和NGS檢測，PicoPLEX DNA-seq試劑盒與24sure™陣列（Illumina）等效。文庫以48個兼容的條形碼pooling，并在2x100 MiSeq v2 PE中進行測序。

測序結(jié)果與陣列結(jié)果*，測序顯示2p（如圖）的末端增益和12q末端丟失（數(shù)據(jù)未顯示），這與通過高分辨率FISH分析確認(rèn)的親本DNA中未檢測到的易位*。（數(shù)據(jù)由GIVF提供）。

PicoPLEX DNA-Seq Kit引用文獻

• New protocol based on massive parallel sequencing for aneuploidy screening of preimplantation human embryos

• Vendrell et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine, DOI: 10.1080/19396368.2017.1312633

• Construction of thousands of single cell genome sequencing libraries using combinatorial indexing

• Vitak et al. bioRxiv Jul. 23, 2016; doi: http://dx.doi.org/10.1101/065482.

• A linkage map for the Newt Notophthalmus viridescens: Insights in vertebrate genome and chromosome evolution

• Keinath et al. 2014 Developmental Biology

ThruPLEX系列產(chǎn)品

Rubicon公司成立于2000年，總部位于美國密歇根州。產(chǎn)品都擁有技術(shù)，檢控嚴(yán)格，擁有cGMP級生產(chǎn)能力，有多個OEM合作伙伴，是單細胞測序文庫構(gòu)建的。2017年1月，Rubicon 成為Takara的一員，并且發(fā)展良好。

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